正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
自叙卷上·经络脏腑无气存亡论躯壳经络脏腑论表里上下论阴阳升降论治病必分经络脏腑论治病不必分经络脏腑论肾藏精论一脏一腑先绝论君火相火论卷上·脉诊脉决死生论症脉轻重论脉症与病相反论卷上·病中风论臌膈论寒热
兰室秘藏
辨症玉函
诊余举隅录
叙卷一·琼瑶神书天部宋徽宗皇帝崇宁五年琼瑶真人一书手法序一琼瑶真人用升阳升阴气上气下之手法讲论歌二琼瑶标本运气歌三琼瑶辨十二经水火分治法四宋徽宗崇宁皇帝论五论手足阴阳流注篇六络脉传注周流不息七琼瑶真人
十问合阴阳天下至道谈胎产书杂禁方养生方却谷食气
卷一医经(一)卷二医经（二）卷三医经（三）卷四医经（四）卷五医经（五）卷六医经(六)卷七医经（七）卷八医经（八）卷九本草（一）卷十本草（二）卷十一本草（三）卷十二本草（四）卷十三本草（五）卷十四本草（
自叙阳湖张琦序丹徒赵克宣序丹徒赵克宜序长沙徐树铭序湘潭欧阳兆熊序长沙黄济序完颜崇实序吴郡顾复初序江夏彭崧毓序吴县曹元恒序卷一·天人解阴阳变化五行生克脏腑生成气血原本精神化生形体结聚五官开窍五气分主五味
本草图经序本草图经奏敕玉石上品卷第一玉屑玉泉（图缺），文具玉屑条下。丹砂空青曾青（图缺），文附空青条下。绿青扁青，文具绿青条下。石胆云母石钟乳殷孽，文具石钟乳条下。孔公孽，文具石钟乳条下。石花，文具石