自序卷一一明望色之法望色论（附律一条）一明闻声之法闻声论（附律二条）一明辨息之法辨息论（附律一条）一明胸中大气之法大气论（附律一条）一明问病之法问病论（附律一条）一明切脉之法切脉论（附律一条）一明合色
徐序鲍序卷上阳气阴气四气气相得则和不相得则病天符岁会六元正纪《灵》《素》不同《素问》传写之误《甲乙》之误王注之误心欲软肾欲坚三阳在头三阴在手脾气外绝劳风结阳结阴胃脘痈肠覃石瘕肺消四维相代四肢不举折髀水
简介奇效良方内容细目卷之一 风门（附论）（一）卷之二 风门（附论）（二）卷之三 风门（附论）（三）卷之四 寒门（附论）卷之五 暑门（附论）卷之六 湿门（附论）卷之七 燥门（附论）卷之八 火门（附论）卷
救自缢良方救溺死救冻死救五绝救诸伤伤眼耳中毒箭鸟枪伤汤火伤诸物咬伤救诸毒物性相反误食伤人水毒避蛊毒挑生毒吞鸦片烟毒野芋毒
卷一风癞论受病所在经络三十六疯六经分属大麻风蛇皮风脱跟风鱼鳞风邪魅风血风鹅掌风鼓槌风血痹风糕风痛风癫风半肢风软瘫风紫云风干风干风干风白癜风蚝风历节风壁泥风疹风哑风冷麻风漏蹄风蛤蟆风核桃风水风热风雁来风
金匮玉函要略方论序金匮要略序（出赵本．）金匮玉函要略综概卷一脏腑经络先后病脉证第一（论十三首、脉证三条）湿病脉证第二（论一首、脉证十二条、方十一首）百合狐惑阴阳毒病证治第三（论一首、证三条、方十二首）
孙序卷一三吴治验万历龙飞二年吴小峰小川目疾万历甲戌沈中丞案张孝廉后渠大头疫吴江孙行人痛风（有发明）郑都谏公子痘（有发明）张文学子心病虚弱（有发明）大宗伯董浔阳翁脾胃疾（有发明）董龙山夫人便血马厨疟痢并
自序例言卷一禀赋源流总论摄养为本总论卷二阴阳脏腑总论卷三营卫经络总论卷四上四诊合参总论卷四下经解格阳关阴脉脉应四时阴阳脉候部位脉象辨病诊脉察色观形经脉应四时十二月五脏绝脉五脏脉象辨脉平病死旺之象辨平病
叙卷上卷上一卷上二卷上三卷上四卷上五卷上六卷下卷下一卷下二卷下三卷下四卷下五
自序卷一证治总论气血精神论升降出入论承制生化论虚实补泻论卷二上形气类三阴三阳名义一三阴三阳名义二三阴三阳名义三高骨大骨非一骨也三焦水道膀胱津液论饮入于胃游溢精气上输于脾脾气散精上归于肺通调水道下输膀胱