原叙卷上咽喉说喉科总论诸风秘论阴阳论辨面色论坏症须知论证附：纂咽喉不治症喉风三十六症斗底风叉喉风咽疮风鱼鳞风双松子风单松子风帝中风双鹅风单鹅风双燕口风单燕口风重风木舌风重舌风坐舌莲花风合架风角架风爆骨
卷上太阳方总论卷下阳明方总论少阳方总论太阴方总论少阴方总论厥阴方总论六经方余论
环周图说难上卷本输穴说难手太阴肺经五穴一、少商（井穴）二、鱼际（荥穴）三、大渊（俞穴）四、经渠（经穴）五、尺泽（合穴）手阳明大肠经六穴一、商阳（井穴）二、二间（荥穴）三、三间（俞穴）四、合谷（原穴）五
原序潘序周序十药总论甲字十灰散乙字花蕊石散甲乙二方论丙字独参汤丙字人参汤论丁字保和汤戊字保真汤丁戊二汤方论己字太平丸己字太平丸论庚字沉香消化丸庚字消化丸论辛字润肺膏辛字润肺膏论壬字白凤膏癸字补髓丹平胃
卷一针道源流针灸直指针灸方宜始论刺热论刺疟论刺咳论刺腰痛论奇病论刺要论刺齐论刺志论长刺节论皮部论经络论骨空论刺水热穴论调经论缪刺论经刺论巨刺论手足阴阳流注论卫气行论诊要经终论刺禁论刺法论五刺应五脏论：
龙木集序卷之一龙木总论一 审的歌发挥二 眼叙论三 三因证治四 五轮歌五 内障眼法根源歌六 针内障眼法歌七 针内障眼叙法歌八 小儿歌九 合药矜式十 煎药诀十一 服药须知十二 点眼药诀卷之一七十二证方论一
原序序卷之一麻疹骨髓赋（增朴）静远主人麻疹西江月（删订）麻证条目法旨用药要诀（删订）增订治麻问答捷要麻疹形式要旨证治秘诀麻疹证治大略括密斋治法大略括验麻色吉凶麻疹轻证麻疹重证麻疹不治证麻疹死证括应用药
卷一活幼指南赋慈幼敬心赋卷二小儿总治法小儿初生脐风小儿变蒸小儿胎疾小儿五脏部位五脏外症看小儿虎口纹脉法小儿夜啼惊风吐泻痢疾小儿疟疾咳嗽疳痨伤食伤风浮肿口疮疥疮染症五脏外症五软病症卷三水镜诀指掌形图入门
序序序序自序卷上参合六十年客气旁通图运气便览五运六气寸尺不应药之主宰运气之变成疾论四时运气论疫与伤寒似同而异论伤寒无斑疹疫疹穷源疫疹案论疫疹之脉不宜表下论疫疹因乎气运疫疹之症头痛倾侧骨节烦痛腰如被杖遍
吴序恽序盛序程序自序凡例用药法程草部山草类人参丹参沙参元参苦参苍术白术甘草黄远志玉竹知母贝母秦艽白藓皮升麻柴胡前胡独活细辛防风羌活桔梗黄连胡黄连黄芩天麻龙胆草茅根延胡索地榆巴戟天肉苁蓉淫羊藿贯众金毛脊