序卷上全论大法第一六经正义第二合并启微第三风寒辨惑第四温暑指归第五湿异同第六平脉准绳第七卷下大阳病解第一阳明病解第二少阳病解第三太阴病解第四少阴病解第五厥阴病解第六制方大法第七
序一序二医之可法为问卷之一医学指南总诀二首卷之一本草第一药本五味一首药性指掌九十首妊娠服禁引经药报使六陈十八反(二首并出儒门事亲)十九畏(一首)用药法象(一首)卷之二脉诀第二诊脉入式(一首集次王适斋等
卷第一（求端探本）凡一门求子方论卷第二（方书叙例）凡十三门叙初有小儿方第一叙小儿有病与大人不殊第二叙小儿方可酌量药品分两第三叙小儿有病宜早治第四叙调理小儿第五叙修合药第六叙用药第七叙小儿气弱不可容易吐
幼科发微赋卷之一十三科预养以培其元一胎养以保其真二蓐养以防其变三回气捷法拭口时法浴儿法断脐法嗜儿法刮泡法通便法贴囟法牛黄法鞠养以防其疾四辨小儿寿夭辨小儿形色辨小儿脉息辨小儿脉证治五脏证治总论肝脏证治心
序一序二凡例卷之一伤寒伤寒论两感论附：嗣真少阴症似太阳太阳脉似少阴不同论太阳论阳明少阳论三阴论三焦论阴证论阴虚论内伤论表症论里症论热症论舌论附金镜录辨舌黑治法结胸论发狂谵语蓄血发发疹（附）发黄吐蛔厥症
《雷公炮炙论》序上卷朱砂云母钟乳白矾硝石芒硝滑石曾青太一禹余粮黄石脂黄精菖蒲人参天门冬甘草干地黄菟丝子牛膝葳蕤防葵柴胡独活升麻车前草木香薯蓣薏苡仁泽泻远志龙胆细辛石斛巴戟天黄连络石蒺藜子黄肉苁蓉蒲黄续
卷一中风肝风眩晕头风虚劳卷二咳嗽吐血失音肺痿卷三遗精淋浊阳痿汗脱脾胃木乘土肿胀卷四积聚痞噎膈反胃噫嗳呕吐吐蛔不食肠痹便闭肺痹胸痹哮喘呃疸卷五风寒风温温热暑湿燥疫痧疹瘰痰痰饮卷六郁肝火不寐卷六三消脾瘅疟
序卷上本经上品人参甘草黄白术苍术（附）薯蓣石斛酸枣仁大枣芡实莲实莲花（附）莲蕊须（附）莲房（附）莲薏（附）荷叶（附）荷鼻（附）薏苡仁大麻仁巨胜子赤箭干地黄麦门冬天门冬葳蕤牛膝杜仲枸杞枸杞苗（附）地骨皮
本草图经序本草图经奏敕玉石上品卷第一玉屑玉泉（图缺），文具玉屑条下。丹砂空青曾青（图缺），文附空青条下。绿青扁青，文具绿青条下。石胆云母石钟乳殷孽，文具石钟乳条下。孔公孽，文具石钟乳条下。石花，文具石
自叙后序卷一甘草白术人参大枣胶饴粳米薏苡小麦大麦神曲吴茱萸蜀椒干姜生姜半夏代赭石厚朴枳实栀子香豉瓜蒂蜀漆黎芦升麻葛根赤石脂禹余粮鸡子黄麻仁白蜜大黄巴豆卷二当归阿胶地黄芍药防风柴胡黄芩黄柏白头翁秦皮白蔹